教育漢字は学年別に配当されていますが、その読みについては、教科書の版元によって学習時期の異なるものが多々あります。
たとえば、2年配当の「作」。「サク」の読みは全社小2で採用していますが、「サ」は光村のみ小3、他社では小2です(2017年現在)。
また、中学では3年間で学習する総漢字が決まっているのみで、学年配当は各版元の裁量に委ねられています。
これらの配当を全て暗記するのはまず不可能ですから、教科書別配当漢字を意識して校正する際は、資料やソフト・ツールを使って対応するのが現実的です。
一つずつ紙の資料を参照して確認する、Excelにまとめた配当データ(クライアントがくれることがあります)内を検索する、あるいは「小・中学校教材の教科書別配当漢字』の校正を高速で終わらせる方法」で紹介したサイトなどでチェックします。