ゲラに書き込みを行う際の筆記用具は、赤ペンとシャーペン(鉛筆)が基本ですが、使い分けにはルールがあります。
修正をする場合→赤ペンで書く
明らかに間違っているミスなら、迷わず赤ペンで修正します。
ただし、慣れないうちは思い込みが生じやすいため、慎重に。
自信がないなら、鉛筆で書くほうがよいでしょう。
疑問出しをする場合→鉛筆(シャーペン)で書く
今ひとつ自信がない指摘、明らかに間違ってはいるが修正案が複数あるもの、問いかけや疑問として示したい内容などは、全て鉛筆で書きます。
ちなみに、校正したゲラをスキャンして送る場合は、色のついた文字のほうが視認性がよいため、青や緑のペンで疑問出しするようクライアントから指示されることがあります。
その際は、消せるペンのフリクションを使うのがお勧めです。